Wie der Name schon sagt, besteht der Mehrkammerfilter aus mehrere Kammern, die vom Wasser durchflossen werden. Die einzelnen Kammern des Filters können mit den unterschiedlichsten Filtermedien (z.B. Filtermatten, Biobälle, Zeolith, Tonröhrchen usw.) bestückt werden. Der Mehrkammerfilter ist aufgrund seines großen Volumens und der Masse an Filtermedien sehr effektiv und wartungsarm. Er kann als Innenfilter direkt im Aquarium, oder aber als externes Filterbecken betrieben werden. Der Zufluss in das Filterbecken erfolgt in der Regel über einen Ablaufschacht/Überlauf, das Wasser gelangt anschließend über eine Förderpumpe wieder in das Aquarium. Ein Innenfilter kann - abhängig von der Filtergröße und der zu fördernden Wassermenge - über eine Förderpumpe oder mittels Luftheber betrieben werden.

Der wesentliche Vorteil des externen Filterbeckens ist aufgrund der möglichen Baugrößen die im Vergleich zu allen anderen Filtertypen wohl beste biologische Filterleistung. Allerdings ist die Installation des Filterbeckens durch die zwingend notwendige Verrohrung relativ aufwändig. Der Mehrkammerinnenfilter ist sehr preiswert in der Herstellung und im Unterhalt. Zudem wird - was für den einen oder anderen im Hinblick auf die Sicherheit durchaus von Bedeutung ist - das Wasser nicht aus dem Becken geleitet. Nachteilig ist beim Innenfilter natürlich der nicht ganz unerhebliche Platzbedarf im Aquarium.

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